Phản nhà Lý

Tháng 8 năm 1218, Nguyễn Nộn bắt được vàng và ngọc mà không đem dâng vua Lý Huệ Tông, do đó triều đình xuống chiếu bắt giam ông.[2][3]

Tháng 2 năm 1219, quyền thần Trần Tự Khánh thấy ông có tài, bèn tâu vua Huệ Tông xin tha cho Nguyễn Nộn, cho đi theo quân đánh giặc để chuộc tội. Vua Huệ Tông bằng lòng cho. Tháng 10 năm đó, Tự Khánh sai Nguyễn Nộn đem quân đi đánh người Man ở Quảng Oai. Tháng 3 năm 1220, Nguyễn Nộn nhân cầm quân trong tay không trở về triều, giữ hương Nghệ An, tự xưng là Hoài Đạo Vương, dâng biểu xưng thần, xin đi dẹp loạn để chuộc tội. Vua Huệ Tông sai người đem sắc thư đến tuyên dụ. Song vì vua có bệnh, không thể chế ngự được. Họ Trần cũng đang mưu tính lấy ngôi nhà Lý nên chưa tính tới Nguyễn Nộn.

Phản Trần Tự Khánh

Tuy nhiên, theo Đại Việt sử lược, cuốn sử ra đời thời Trần, Nguyễn Nộn vốn là bộ tướng của tướng Trần Tự Khánh, theo Tự Khánh tham gia vào những cuộc chinh chiến với các sứ quân và chống lại cả nhà Lý từ đầu thời Lý Huệ Tông chứ không phải tới năm 1218 mới xuất hiện trên chính trường.

Theo sách này, năm 1213, Trần Tự Khánh sai người sang Bắc Giang lừa mời ông về. Nguyễn Nộn về đến nơi, Trần Tự Khánh dùng dây thép trói lại năm vòng, giam cầm ông. Tuy nhiên, chưa rõ vì lý do gì mà Nguyễn Nộn bị Tự Khánh bắt giam.[4]

Tháng 9, Trần Tự Khánh mở trói dây thép cho Nguyễn Nộn. Tuy ở trong cảnh ngục tù mà Nguyễn Nộn thần sắc vẫn tự nhiên. Khi thấy bọn dũng sĩ nhảy, đối lại, ông mang theo cả cái dây xích sắt mà nhảy, nhưng lại nhảy hơn bọn dũng sĩ. Trần Tự Khánh trông thấy, lấy làm lạ, bèn thả ông ra lại cho làm tướng và đem người con gái của người dì gả cho. Sau đó Tự Khánh lại trao cho ông hai ấp là Trần Khê và Cả Lũ.[5]

Năm 1213, Nguyễn Nộn cầm một cánh quân họ Trần chống lại quân triều đình do đích thân Lý Huệ Tông và Thái sư Đàm Dĩ Mông chỉ huy. Ông cùng các tướng họ Trần đánh bại quân nhà Lý.[6] Em họ Trần Tự Khánh là Trần Thủ Độ cùng Trần Hiến Sâm ở tả ngạn tiến đánh thắng quân triều đình. Nguyễn Nộn từ Quốc Oai tiến đến chợ Dừa cùng Phan Lân đánh thắng các tướng ở Hồng Châu là Đoàn Cấm, Vũ Hốt. Lý Huệ Tông thất thế phải chạy lên Lạng Châu.

Sau trận đó, ông được Trần Tự Khánh giao giữ vùng Bắc Giang. Trần Tự Khánh lên Lạng châu rước Huệ Tông không được liền lập hoàng thân khác lên ngôi, tức là vua Càn Ninh.

Năm 1214, anh em họ Đoàn tấn công đất Bắc Giang. Hai bên đánh nhau ở núi Đông Cứu (Gia Lương, Bắc Ninh), Nguyễn Nộn giết chết được Đoàn Nguyễn, nhưng cũng bị thương ở lưng.

Tuy nhiên lúc đó nội bộ phe Tự Khánh xảy ra phản loạn lớn. Tướng ở Cam Giá (thị xã Sơn Tây) là Đỗ Bị lại nổi lên chống cự. Nhân thời cơ đó, Nguyễn Nộn cũng phản lại Tự Khánh, xây dựng một thế lực rất lớn.[7] Do việc cát cứ của Đỗ Bị, Nguyễn Nộn, kinh thành Thăng Long bị uy hiếp. Tự Khánh lấy hết vàng bạc, của cải các kho và phóng hỏa đốt kinh đô rồi đưa vua mới là Càn Ninh xuống hành cung Lý Nhân (Hà Nam).

Nguyễn Nộn đem binh đến Thăng Long đánh nhau với Tự Khánh. Huệ Tông và thái hậu đang ở Nam Sách trở về Thăng Long, phong cho Nguyễn Nộn tước hầu để mượn tay Nộn chống họ Trần. Từ đó cục diện trong nước lúc này đại thể hình thành ba thế lực: Phía bắc là Nguyễn Nộn, phía đông là Đoàn Thượng, phía nam là Trần Tự Khánh.

Tháng 1 năm 1215, hai tướng của Trần Tự Khánh là Nguyễn Đường và Nguyễn Giai thông đồng với Nguyễn Nộn đánh Trần Tự Khánh, nhưng Đường và Giai lại hàng Trần Tự Khánh. Tháng 2, Nguyễn Nộn được phong tước Vương.[8] Tháng 3, Nguyễn Nộn đánh thắng Nguyễn Đường và Nguyễn Giai.

Sau đó, một loạt lực lượng cát cứ khác nổi dậy chiếm cứ các nơi. Sau nhiều lần bôn tẩu, cuối cùng năm 1216, Lý Huệ Tông buộc phải dựa vào anh vợ là Trần Tự Khánh là lực lượng mạnh hơn cả. Tự Khánh lại phụng thờ Huệ Tông, mượn tiếng Huệ Tông để chinh phục được nhiều sứ quân khác. Huệ Tông hạ chiếu đày Nguyễn Nộn làm lính thường.